O Moloni tem implementado na sua estrutura enquanto empresa um serviço de melhoria contínua e lean production que tem como principal objetivo a sistematização das alterações introduzidas no programa, quer como resposta aos normativos legais, quer como resposta às necessidades de mercado recolhidas diretamente das mensagens diretas e de feedback de clientes.

Uma das principais ferramentas deste sistema é o Changelog, um motor de consulta com informações sobre todas as alterações feitas na plataforma e enquadra os recursos disponibilizados aos utilizadores.